Окончательное обезвреживание сточных вод, прошедших механическую либо физико-химическую чистку, целенаправлено создавать биохимическим способом.

Аэробный процесс биохимической чистки сточных вод протекает в присутствии кислорода под действием комплекса определенных видов микробов и микробов (биоценоза), развивающихся в сооружениях. Для обычной жизнедеятельности микробов и микробов при всем этом методе в сточных водах не считая кислорода и органических веществ должны содержаться биогенные элементы (азот, фосфор, калий). 

В случае недочета этих частей они вводятся в сточные производственные воды искусственно. Более дешевенький источник биогенных частей - бытовые сточные воды, потому в почти всех хим производствах на чистку подают смесь производственных и бытовых сточных вод.

Анаэробный процесс биохимической чистки сточных вод протекает под действием микробов и микробов при отсутствии притока кислорода. Употребляется он в индустрии изредка, в главном для подготовительной чистки сточных производственных вод, содержащих огромные количества органических веществ-загрязнителей.

Аэробную биохимическую чистку сточных вод проводят в последующих сооружениях: полях орошения, полях фильтрации, био прудах, биофильтрах и аэротанках.